Ursache der meisten Pathologien, die sich im Lichte des integralen AQAL-Modells zeigen, sind entweder Reduktionismen (Quadrantenabsolutismen), bei denen Realitäten einiger Quadranten geleugnet oder ignoriert werden, oder Verwechslungen verschiedener Elemente des Modells, indem beispielsweise Ebenen und Linien oder Ebenen und Zustände gleichgesetzt werden, oder auch Ebenen untereinander verwechselt werden (Prä/Tans-Verwechslung).